Los Jesuitas llegan al Perú en 1568 bajo el mando del Superior General de la Compañía de Jesús san Francisco de Borja, quien es reconocido como fundador de la Provincia jesuítica del Perú, la más antigua de Hispanoamérica.
Los jesuitas trabajaron en las Misiones de Maynas en las «reducciones de indios» (las más importantes fueron las del Cercado de Lima y las de Juli y Pomata en Puno); y en la educación de los pueblos (construyeron entre otros el Colegio Máximo de San Pablo de Lima y la Universidad San Ignacio del Cuzco). Sus misiones y obras apostólicas son financiadas con la producción de las haciendas que los jesuitas poseían en la costa de lo que actualmente es Perú.