El padre Miguel Fernandes fundó en 1687 la misión jesuita de São Luiz Gonzaga por razones de seguridad, ya que su ubicación resultaba más favorable para su defensa. En sus inicios, la misión albergó a indígenas provenientes de las demás misiones de la región.

Al igual que en el resto de los pueblos misioneros, en São Luiz Gonzaga surgió una floreciente civilización de constructores, escultores, pintores, músicos y otros artesanos, que dejaron las huellas que hoy persisten en las ruinas de la llamada «República Guaraní» que engloba territorios que en la actualidad pertenecen a los países de Brasil, Argentina y Paraguay.

La actual ciudad de São Luiz Gonzaga se construyó sobre las antiguas ruinas de la misión jesuítica. Sus piedras se utilizaron como cimiento de varias casas en las áreas urbanas y rurales. Quizás sea esta la razón por la que se haya arraigado tan profundamente el amor de su población por este período de la historia.