São Borja fue fundada en 1682 por los sacerdotes jesuitas en la confluencia de los ríos Uruguay e Icamacuá. En la actualidad el municipio se encuentra en la frontera entre Brasil y Argentina y alberga un puente internacional que resulta fundamental en el flujo de productos entre países del Mercosur, ya que conecta São Borja en el estado de Rio Grande do Sul (Brasil) con Santo Tomé, en la provincia de Corrientes (Argentina).

La localidad toma el nombre de São Francisco de Borja, tercer general de la orden jesuita. Por ello, el escudo de la ciudad lleva un campo rojo (evocador de la tierra roja de las Misiones y la sangre guaraní) con una cruz de Caravaca, (también conocida como Cruz de Lorena y Cruz de Borgoña) en oro.