La misión jesuita de São Nicolau es uno de los 18 pueblos (llamados misiones o reducciones) que fundaron los jesuitas 1626 y 1634 en la región que hoy se conoce como el Estado de Rio Grande do Sul. Durante los siglos XVII y XVIII convivieron en estas misiones jesuitas e indígenas convertidos al cristianismo. Muchas de las misiones fueron destruidas durante guerras y ataques de saqueadores por lo que los jesuitas volvieron a fundar, en una segunda fase del ciclo misionero, otras siete misiones. Son las que actualmente conocemos como los Siete Pueblos de las Misiones.

São Nicolau fue la única misión en ser refundada sobre sus propias ruinas y en el segundo periodo destacó por la producción de pinturas y tallas en madera.

El Sitio Arqueológico de São Nicolau ha sido objeto de varias investigaciones arqueológicas. En el lugar, se puede visitar la antigua bodega subterránea de los sacerdotes y una exposición sobre los trabajos de excavación arqueológica ejecutados en 1980.